Verrokki- eli referenssigenomit

Tutkimusryhmämme tuottaa sekä itsenäisesti että yhteistyössä eri eläimien kromosomeittain koottuja, referenssitasoisia genomeja. Olemme myös mukana Euroopan referenssigenomiatlas-yhteisössä (European Reference Genome Atlas, ERGA).

Referenssigenomi on malliperimä – eräänlainen yhteinen lähtökohta, johon muiden yksilöiden perimää verrataan. Se ei ole ”täydellinen” tai ”oikea” perimä, vaan huolellisesti koottu esimerkkigenomi, joka kuvaa, miltä lajin DNA yleensä näyttää, missä järjestyksessä se on kromosomeissa ja mikä sen geenisisältö on.

Referenssigenomia voi verrata karttaan: kartta ei ole maasto itse, mutta sen avulla maastossa on mahdollista suunnistaa. Samalla tavalla referenssigenomi auttaa tutkijoita hahmottamaan, missä geenit sijaitsevat ja miten eri yksilöiden perimä poikkeaa toisistaan.

Ilman referenssigenomia DNA-sekvenssit olisivat vain irrallisia ATGC-kirjainten pätkiä. Irrallisten sekvenssien vertaaminen referenssigenomiin mahdollistaa niiden kokoamisen laajemmiksi kokonaisuuksisksi ja antaa niille oikean kontekstin sekä toiminnallisen merkityksen.

Referenssigenomit ovat avain kaikkeen geneettiseen tutkimukseen lajilla. Oma ryhmämme on erityisen kiinnostunut erilaisten eläinten solulinjojen hyödynnettävyydestä kokeellisessa tukimuksessa. Ilman yksityiskohtaista tietoa näiden lajien geeneistä tutkimus tapahtuisi täysin sokkona.

Alla löydät lyhyet esittelyt verrokkiperimähankkeistamme.

Rusakko (Lepus europaeus)

Metsäjänis (Lepus timidus)

Saimaannorppa (Pusa saimensis)

Metsäpeura (Rangifer tarandus fennicus)

Yhteistyöperimät Psyche-hanke

Yhteistyöperimät DToL-hanke

Osallistu – sponsoroi genomi