Hankkeet

HARECY

Suomen Akatemian rahoittamassa HARECY-konsortiohankkeessa tutkimme elintapastrategioiden evoluutiota ja sitä, miten aineenvaihdunnallisiin sopeumiin liittyvät kustannukset heijastuvat solusyklin säätelyyn ja edelleen ikääntymiseen, lisääntymiseen ja syöpäalttiuteen. Hanketta toteutetaan yhteistyössä Tampereen yliopiston mitokondriometabolian tutkimusryhmän kanssa, ja mallijärjestelmänä hyödynnetään jäniseläimiä, joiden elinkiertostrategiat ja fysiologiset erot tarjoavat erittäin hyödyllisen vertailuasetelman.

HARECY on luonteva jatko aiemmalle CROSSHARES-konsortiohankkeelle, jossa selvitimme jäniseläinten lajirajoja ylläpitäviä solunsisäisiä ja erityisesti mitokondriaalisia mekanismeja. HARECYssä fokusta laajennetaan lajienvälisestä vertailusta kohti elinkiertostrategioiden evolutiivista perustaa ja solutason kompromisseja resurssien jaossa lisääntymisen, solujen ylläpidon ja genomin vakauden välillä.

Tutkimuksessa hyödynnämme laajasti genomiikan, solu- ja molekyylibiologian menetelmiä, mukaan lukien single-cell-transkriptomiikkaa, solusyklin etenemistä seuraavia reportterigeenikonstruktioita sekä kokeellisia solumalleja eri jänislajeista. Yhdistämällä vertailevaa genomiikkaa ja kokeellista solubiologiaa hanke tuottaa uutta tietoa siitä, miten mitokondrioiden toiminta, solusyklin säätely ja elinkiertostrategiat ovat kytkeytyneet toisiinsa evoluution aikana.

Populaatiogenetiikka

Olemme kiinnostuneita myös eri suomalaisten nisäkkäiden populaatiogenetiikasta, sopeutumismekanismeista pohjoisiin olosuhteisiin sekä lajien levittäytymishistoriasta.

Tutkimusryhmämme on muun muassa selvittänyt rusakon ja metsäjäniksen risteytymisen genomisia seurauksia, valinnan kohteena olevia genomialueita sekä suomalaisten rusakoiden alkuperää ja geneettistä koostumusta noin 200 metsäjäniksen ja 200 rusakon maantieteellisesti kattavasta otoksesta. Vertailuaineistoksi on kerätty vastaavat genomiset aineistot neljästä rusakkokannasta (Saksa, Itävalta, Pyreneet ja Unkari) sekä viidestä metsäjäniskannasta (Ruotsi, Ural, Kolyma, Magadan ja Primorjen alue Kaukoidässä). Työ edustaa Biodiversity Genomics Europe-hankkeen yhtä tapaustutkimusta.

Aiemmin ERGA-pilottihankkeessa tuottamamme rusakon ja metsäjäniksen referenssigenomit ovat analyysien kannalta keskeisiä, sillä ne mahdollistavat luotettavan SNP-tunnistuksen, kytkeytyneiden varianttien havaitsemisen sekä valinnan kohteena olevien geenien tarkan paikantamisen. Tulokset ovat jo paljastaneet lajienvälisen risteytymisen rakenteita, geneettistä alkuperää ja viitteitä alarakenteesta molemmissa lajeissa. Käynnissä olevassa työssä tutkimme lisäksi sukupuoleen kytkeytyviä vinoumia lajien välisessä geenivirrassa, mikä voi paljastaa uroksiin liittyviä yhteensopimattomuuksia hybridien välillä, sekä tunnistamme geenejä, joihin luonnonvalinta mahdollisesti kohdistuu.

Verrokkigenomihankkeet

Teemme sekä itse että yhteistyössä muiden tutkimusryhmien kanssa kromosomeittain koottuja, korkealaatuisia verrokkigenomeita tutkimuskäyttöön. Lue lisää täältä.

DNA-työkalut lajien rajaamisessa ja laji-inventaarioissa

Osallistumme aktiivisesti Suomen DNA-viivakoodihankkeisiin ja olemme mukana kehittämässä DNA-työkaluja lajien tunnistamiseen sekä laji-inventaarioiden tekemiseen.