Ihmiset

Jaakko Pohjoismäki, molekyylibiologian ja genetiikan professori, tutkimusryhmän johtaja

Vaikka taustani on biolääketieteessä ja mitokondriobiologiassa, eliölajit olivat ne, jotka vetivät minut biologian pariin. Tutkimuksessani olen erityisen kiinnostunut ei-malliorganismien funktionaalisesta genetiikasta, lajien monimuotoisuudesta sekä biologista muuntelua ja sopeutumista muovaavista mekanismeista. Suhtaudun villiin luontoon ja sen säilymiseen nykyisessä, nopeasti muuttuvassa maailmassa syvällä intohimolla, ja näen tutkimuksen, opetuksen ja yhteiskunnallisen vuorovaikutuksen toisiaan täydentävinä keinoina lisätä ymmärrystä luonnon monimuotoisuudesta ja tukea vastuullista luontoa koskevaa päätöksentekoa. 

Steffi Goffart, yliopistolehtori

Steffi on molekyylisolubiologi, joka on kiinnostunut solujen vertailevista toiminnallisista tutkimuksista, erityisesti mitokondrio-DNA:n (mtDNA) ylläpidosta, mitokondrioiden biogeneesistä ja solufysiologiasta. Hänen työnsä tavoitteena on ymmärtää, miten keskeiset solutason prosessit muuntelevat lajien välillä ja miten ne vaikuttavat sopeutumiseen ja terveyteen. Hän vastaa solueläintarhan solulinjojen eristämisestä, karakterisoinnista ja pitkäaikaisesta ylläpidosta varmistaen niiden laadun ja saatavuuden genomisiin ja toiminnallisiin tutkimuksiin.

FT Danilo Santoro, tutkijatohtori

Työskentelen HARECY-hankkeessa tutkien evolutiivisia mekanismeja, jotka säätelevät solusyklin ja aineenvaihduntaprosessien välistä tasapainoa. Työni keskeisiä osa-alueita ovat transkriptomiikkaan, kromatiinin kolmiulotteiseen rakenteeseen (Hi-C) sekä lajienväliseen solutason geeniekspressio-aineistojen integrointiin liittyvien analyysien kehittäminen ja soveltaminen. Teen myös referenssigenomien kokoamista ja lähisukulaisten lajien genomivertailua rakenteellisten erojen tunnistamiseksi.

FM Ling Zhao, nuorempi tutkija

Olen väitöskirjatutkija HARECY-hankkeessa. Taustani on matematiikassa, systeemitieteissä ja koneoppimisessa, ja kouluttaudun parhaillani bioinformatiikan ja evoluutiogenomiikan parissa.

FM Jiri Vihavainen, nuorempi tutkija

Olen aina ollut hämmästynyt siitä, kuinka monimuotoinen ja monipuolinen eliöryhmä hyönteiset ovat. Kandidaattiopintojeni aikana aloin kiinnostua eri kovakuoriaisten (Coleoptera) ja suorasiipisten (Orthoptera) keräämisestä. Taksonomisen osaamiseni karttuessa aloin kokea morfologisen lajimäärityksen epämääräisyyden häiritseväksi: lähes jokaisella tuntui olevan eri käsitys siitä, mihin ryhmään sama yksilö kuului. Olimme toki tuolloin vielä opiskelijoita, mutta asia jäi painamaan.

Toinen kiinnostuksenkohteeni, laboratoriotyö – erityisesti DNA:n parissa työskentely – johdatti minut DNA-viivakoodauksen maailman, ja lopulta pystyin yhdistämään nämä kaksi tutkimusintressiäni biodiversiteettigenomiikassa.

Väitöskirjatutkimuksessani pyrin nyt valaisemaan luonnon monimuotoisuuden niin sanottua ”pimeää ainetta” vaikeasti määritettävässä kaksisiipisten heimossa, ryhäkärpäsissä (Diptera: Phoridae). Hanke keskittyy uusien menetelmien kehittämiseen lajien määrittämispullonkaulojen ratkaisemiseksi ja edistämään maapallon suunnattoman lajimonimuotoisuuden kartoittamista.

FM Niko Lappalainen, nuorempi tutkija

Tutkimukseni keskittyy luonnontieteellisten kokoelmien automatisoitujen massadigitointimenetelmien kehittämiseen sekä laitteistotasolla – kuljetinhihnapohjaisen kuvantamisen avulla – että ohjelmistotasolla tietokantojen luomisen ja hallinnan osalta. Tavoitteenani on tunnistaa kuljetinpohjaisten kuvantamisjärjestelmien nykyiset tekniset rajoitteet, optimoida niiden ohjaus- ja säätökonfiguraatioita sekä kvantifioida, miten erilaiset suunnitteluratkaisut vaikuttavat suorituskykyyn ja kuvanlaatuun todellisissa ympäristöissä museoissa ja tutkimuslaitoksilla.

Työni johtaa automatisoitujen laadunvalvontamenetelmien kehittämiseen, näytteiden ja etikettien segmentointiin, useiden viivakoodien samanaikaiseen lukemiseen sekä olemassa olevien OCR-teknologioiden hyödyntämiseen käsinkirjoitettujen etikettien tulkinnassa. Kokonaisuudessaan tutkimuksen tavoitteena on parantaa luonnontieteellisistä näytteistä saatavan datan määrää ja laatua merkittävästi sekä vähentää manuaalisen työn tarvetta.

Vaikka työni ei suoraan liity genomiikkaan, luonnontieteellisten näytteiden digitointi on tärkeä osa nykyaikaista biodiversiteettitutkimusta ja molekyyliekologiaa. Erityisesti DNA-viivakoodauksen yhteydessä on olennaista, että jokaiselle sekvensoidulle näytteelle on olemassa huolellisesti dokumentoitu ja kuvattu voucher-näyte, johon geneettinen tieto voidaan yksiselitteisesti kytkeä. Laadukkaat kuvat mahdollistavat myöhemmän morfologisen tarkastelun, lajimääritysten varmentamisen ja tulosten toistettavuuden myös silloin, kun fyysiseen näytteeseen ei ole suoraa pääsyä.

Systemaattinen ja automatisoitu digitointi parantaa siten viivakoodidatan luotettavuutta, yhdistettävyyttä ja pitkäaikaista käyttöarvoa. Se tukee taksonomista tutkimusta, helpottaa aineistojen avaamista kansainväliseen käyttöön ja varmistaa, että geneettinen tieto säilyy kiinteässä yhteydessä konkreettisiin museonäytteisiin – biodiversiteettitutkimuksen perusvaluuttaan.