{"id":4743,"date":"2024-12-18T13:23:55","date_gmt":"2024-12-18T11:23:55","guid":{"rendered":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/?page_id=4743"},"modified":"2025-05-22T14:43:05","modified_gmt":"2025-05-22T11:43:05","slug":"menetelmat-kitu1","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/","title":{"rendered":"Menetelm\u00e4t – KiTu1"},"content":{"rendered":"\n

N\u00e4ytemateriaali<\/strong>
Kiinteiden kasvainten diagnostista profilointia varten otamme vastaan FFPE (formaliinifiksoitu parafiinin valettu) -tuumorikudosblokista otettuja leikkeit\u00e4. Patologin tulee m\u00e4\u00e4ritell\u00e4 n\u00e4ytteen tuumorityyppi ja tuumorisoluprosentti ennen n\u00e4ytteen l\u00e4hetyst\u00e4 laboratorioomme. Suositeltava tuumorisoluprosentti on v\u00e4hint\u00e4\u00e4n 30 %. N\u00e4ytteenotto ja l\u00e4hetys laboratorioomme ohjeistetaan tarkemmin N\u00e4ytteenl\u00e4hetysohjeessa<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Diagnostinen palvelumme on akkreditoitu FFPE-tuumorikudosn\u00e4ytteille, mutta KiTu1-paneelilla on mahdollista tutkia my\u00f6s ituradan mutaatioita verin\u00e4ytteest\u00e4. Otathan meihin yhteytt\u00e4 saadaksesi lis\u00e4tietoa t\u00e4st\u00e4 mahdollisuudesta<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

DNA:n eristys<\/strong>
DNA eristet\u00e4\u00e4n FFPE-blokista otetuista leikkeist\u00e4 k\u00e4ytt\u00e4en t\u00e4h\u00e4n tarkoitukseen soveltuvaa kaupallista kitti\u00e4. Eristetyn kaksijuosteisen DNA:n pitoisuus, puhtaus ja laatu tarkastetaan ennen geneettisi\u00e4 analyysej\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

Uuden sukupolven sekvensointi<\/strong>
Eristetylle DNA:lle suoritetaan 53 geenin kohdennettu uuden sukupolven sekvensointi (Next Generation Sequencing, NGS). NGS-kirjastot valmistetaan automaattisella kirjastojen k\u00e4sittelyrobotilla (Magnis NGS Prep System, Agilent) k\u00e4ytt\u00e4en kohdennettua hybridisaatiopohjaista SureSelect X HT2 -kitti\u00e4 (Agilent).<\/p>\n\n\n\n

NGS-sekvensointi perustuu massiiviseen rinnakkaissekvensointiin, jossa miljoonia lyhyit\u00e4 DNA-fragmentteja monistetaan samanaikaisesti. N\u00e4ytteet sekvensoidaan Illumina NextSeq 2000 -laitteistolla. Sekvensointidata k\u00e4sitell\u00e4\u00e4n in house data-analyysipipelinell\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

Testi kattaa seuraavat 53 geeni\u00e4:<\/p>\n\n\n\n

ALK, ARID1A, ARID5B, ATM, BARD1, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CDKN2A, CHEK1, CHEK2, CTNNB1, DICER1, EGFR, EPCAM, ERBB2, FANCL, FGFR2, FGFR3, KEAP1, KIT, KRAS, MET, MLH1, MRE11A, MSH2,MSH6, NBN, NF1, NFE2L2, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PALB2, PDGFRA, PIK3CA, PMS2, POLE, PPP2R2A, PTEN, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, RET, ROS1, SMARCA4, STK11, TP53<\/p>\n\n\n\n

N\u00e4ist\u00e4 geeneist\u00e4 tutkimukseen sis\u00e4ltyy proteiinia koodaava alue (eksonit) sek\u00e4 10 em\u00e4sparia intronisekvenssi\u00e4 eksonin molemmin puolin (silmukointialueet). Testi on suunniteltu kattamaan kohdealueen yhden em\u00e4ksen muutokset (SNV, Single Nucleotide Variant) ja lyhyet insertiot ja deleetiot. Testi ei kata isoja insertioita\/deleetioita, komplekseja geeni- tai kromosomitason rakennemuutoksia, translokaatioita, geenifuusioita, variantteja kohdealueen ulkopuolella, eik\u00e4 alueita, joiden sekvensointi on teknisesti mahdotonta (kuten pitk\u00e4t toistojaksoalueet).<\/p>\n\n\n\n

Tulosten tulkinta<\/strong>
Sekvensoidut DNA-fragmentit rinnastetaan ihmisen referenssigenomin sekvenssiin (GRCh38), jolloin siit\u00e4 poikkeavat em\u00e4kset voidaan tunnistaa. Havaittuja sekvenssimuutoksia verrataan yleisist\u00e4 ja sy\u00f6p\u00e4kohtaisista tietokannoista (mm. ClinVar, Cosmic, gnomAD) ja kirjallisuudesta l\u00f6ytyviin aikaisemmin raportoituihin sekvenssimuutoksiin niiden patogeenisuuden arvioimiseksi. Variantit luokitellaan patogeenisuuden perusteella AMP\/ASCO\/CAP konsensuksen mukaisesti (Li et al., 2017).<\/p>\n\n\n\n

Tutkimusvastaus<\/strong>
Tutkimusvastauksessa raportoidaan patogeeniset tai todenn\u00e4k\u00f6isesti patogeeniset (pathogenic, likely pathogenic) ja merkitsevyydelt\u00e4\u00e4n ep\u00e4varmat (uncertain significance) variantit, joiden alleelifrekvenssi (variant allele frequency, VAF) on 5 % tai suurempi. Tietyiss\u00e4 tapauksissa sekvensoinnin lukusyvyyden ollessa riitt\u00e4v\u00e4, voidaan raportoida my\u00f6s alle VAF 5 % olevat patogeeniset mutaatiot. Neutraaleiksi (likely benign, benign) arvioituja sekvenssimuutoksia ei raportoida. Varianttien luokittelu voi muuttua uuden lis\u00e4\u00e4ntyv\u00e4n tiedon my\u00f6t\u00e4, jolloin tiedotamme asiasta n\u00e4ytteen l\u00e4hett\u00e4j\u00e4\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

Tutkimusvastauksessa ilmoitetaan suoritetun sekvensoinnin n\u00e4ytekohtainen keskim\u00e4\u00e4r\u00e4inen lukusyvyys ja kattavuusprosentti v\u00e4hint\u00e4\u00e4n 100-kertaisella lukusyvyydell\u00e4. Lis\u00e4ksi raportoidaan havaitun muutoksen alleelifrekvenssi (VAF) ja lukusyvyys havaitun muutoksen kohdalla. Erillisess\u00e4 liitteess\u00e4 esitet\u00e4\u00e4n geenikohtainen keskim\u00e4\u00e4r\u00e4inen lukusyvyys ja kattavuusprosentti 100-kertaisella ja 250-kertaisella lukusyvyydell\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

Tutkimusvastaus toimitetaan n\u00e4ytteen l\u00e4hett\u00e4neeseen yksikk\u00f6\u00f6n kymmenen arkip\u00e4iv\u00e4n kuluessa.<\/p>\n\n\n\n

Laboratorion IVD-laitteiden omavalmistus<\/strong>
Laboratorio valmistaa omavalmistuksena in vitro -diagnostiikkaan tarkoitettuja l\u00e4\u00e4kinn\u00e4llisi\u00e4 laitteita, jotka on rekister\u00f6ity Fimean (L\u00e4\u00e4kealan turvallisuus- ja kehitt\u00e4miskeskus) kansalliseen l\u00e4\u00e4kinn\u00e4llisten laitteiden rekisteriin ja jotka t\u00e4ytt\u00e4v\u00e4t IVD-asetuksen EU\/2017\/746 artiklan 5.5 mukaiset yleiset turvallisuus- ja suorituskykyvaatimukset.<\/p>\n\n\n\n

Luettelo omavalmisteisista laitteista ja vakuutus vaatimusten t\u00e4ytt\u00e4misest\u00e4 on t\u00e4ss\u00e4 linkiss\u00e4<\/a>. IVD-asetuksen mukainen laitteen m\u00e4\u00e4ritelm\u00e4 kattaa my\u00f6s reagenssit ja menetelm\u00e4modifikaatiot.<\/p>\n\n\n\n

Muut Geenidiagnostiikkalaboratorion diagnostisissa tutkimuksissa k\u00e4ytetyt laitteet\/reagenssit\/menetelm\u00e4t ovat CE-merkittyj\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

Viitteet<\/strong>
Li, M.M., Datto, M., Duncavage, E.J., Kulkarni, S., Lindeman, N.I., Roy, S., Tsimberidou, A.M., Vnencak-Jones, C.L., Wolff, D.J., Younes, A., and Nikiforova, M.N., 2017. Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. Journal of Molecular Diagnostics, 19 (1), p. 4 – 23. https:\/\/doi.org\/10.1016\/j.jmoldx.2016.10.002.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

N\u00e4ytemateriaaliKiinteiden kasvainten diagnostista profilointia varten otamme vastaan FFPE (formaliinifiksoitu parafiinin valettu) -tuumorikudosblokista otettuja leikkeit\u00e4. Patologin tulee m\u00e4\u00e4ritell\u00e4 n\u00e4ytteen tuumorityyppi ja tuumorisoluprosentti ennen n\u00e4ytteen l\u00e4hetyst\u00e4 laboratorioomme. Suositeltava tuumorisoluprosentti on v\u00e4hint\u00e4\u00e4n 30 %. N\u00e4ytteenotto ja l\u00e4hetys laboratorioomme ohjeistetaan tarkemmin N\u00e4ytteenl\u00e4hetysohjeessa. Diagnostinen palvelumme on akkreditoitu FFPE-tuumorikudosn\u00e4ytteille, mutta KiTu1-paneelilla on mahdollista tutkia my\u00f6s ituradan mutaatioita verin\u00e4ytteest\u00e4. Otathan meihin yhteytt\u00e4 […]<\/p>\n","protected":false},"author":203,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":""},"class_list":["post-4743","page","type-page","status-publish","hentry"],"acf":[],"yoast_head":"\nMenetelm\u00e4t - KiTu1 - Geenidiagnostiikka<\/title>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"fi_FI\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"Menetelm\u00e4t - KiTu1 - Geenidiagnostiikka\" \/>\n<meta property=\"og:description\" content=\"N\u00e4ytemateriaaliKiinteiden kasvainten diagnostista profilointia varten otamme vastaan FFPE (formaliinifiksoitu parafiinin valettu) -tuumorikudosblokista otettuja leikkeit\u00e4. Patologin tulee m\u00e4\u00e4ritell\u00e4 n\u00e4ytteen tuumorityyppi ja tuumorisoluprosentti ennen n\u00e4ytteen l\u00e4hetyst\u00e4 laboratorioomme. Suositeltava tuumorisoluprosentti on v\u00e4hint\u00e4\u00e4n 30 %. N\u00e4ytteenotto ja l\u00e4hetys laboratorioomme ohjeistetaan tarkemmin N\u00e4ytteenl\u00e4hetysohjeessa. Diagnostinen palvelumme on akkreditoitu FFPE-tuumorikudosn\u00e4ytteille, mutta KiTu1-paneelilla on mahdollista tutkia my\u00f6s ituradan mutaatioita verin\u00e4ytteest\u00e4. Otathan meihin yhteytt\u00e4 […]\" \/>\n<meta property=\"og:url\" content=\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/\" \/>\n<meta property=\"og:site_name\" content=\"Geenidiagnostiikka\" \/>\n<meta property=\"article:modified_time\" content=\"2025-05-22T11:43:05+00:00\" \/>\n<meta name=\"twitter:card\" content=\"summary_large_image\" \/>\n<meta name=\"twitter:label1\" content=\"Arvioitu lukuaika\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:data1\" content=\"4 minuuttia\" \/>\n<script type=\"application\/ld+json\" class=\"yoast-schema-graph\">{\"@context\":\"https:\/\/schema.org\",\"@graph\":[{\"@type\":\"WebPage\",\"@id\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/\",\"url\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/\",\"name\":\"Menetelm\u00e4t - KiTu1 - Geenidiagnostiikka\",\"isPartOf\":{\"@id\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/#website\"},\"datePublished\":\"2024-12-18T11:23:55+00:00\",\"dateModified\":\"2025-05-22T11:43:05+00:00\",\"breadcrumb\":{\"@id\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/#breadcrumb\"},\"inLanguage\":\"fi\",\"potentialAction\":[{\"@type\":\"ReadAction\",\"target\":[\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/\"]}]},{\"@type\":\"BreadcrumbList\",\"@id\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/#breadcrumb\",\"itemListElement\":[{\"@type\":\"ListItem\",\"position\":1,\"name\":\"Home\",\"item\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/\"},{\"@type\":\"ListItem\",\"position\":2,\"name\":\"Menetelm\u00e4t – KiTu1\"}]},{\"@type\":\"WebSite\",\"@id\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/#website\",\"url\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/\",\"name\":\"Geenidiagnostiikka\",\"description\":\"\",\"potentialAction\":[{\"@type\":\"SearchAction\",\"target\":{\"@type\":\"EntryPoint\",\"urlTemplate\":\"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/?s={search_term_string}\"},\"query-input\":{\"@type\":\"PropertyValueSpecification\",\"valueRequired\":true,\"valueName\":\"search_term_string\"}}],\"inLanguage\":\"fi\"}]}<\/script>\n<!-- \/ Yoast SEO plugin. -->","yoast_head_json":{"title":"Menetelm\u00e4t - KiTu1 - Geenidiagnostiikka","robots":{"index":"index","follow":"follow","max-snippet":"max-snippet:-1","max-image-preview":"max-image-preview:large","max-video-preview":"max-video-preview:-1"},"canonical":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/","og_locale":"fi_FI","og_type":"article","og_title":"Menetelm\u00e4t - KiTu1 - Geenidiagnostiikka","og_description":"N\u00e4ytemateriaaliKiinteiden kasvainten diagnostista profilointia varten otamme vastaan FFPE (formaliinifiksoitu parafiinin valettu) -tuumorikudosblokista otettuja leikkeit\u00e4. Patologin tulee m\u00e4\u00e4ritell\u00e4 n\u00e4ytteen tuumorityyppi ja tuumorisoluprosentti ennen n\u00e4ytteen l\u00e4hetyst\u00e4 laboratorioomme. Suositeltava tuumorisoluprosentti on v\u00e4hint\u00e4\u00e4n 30 %. N\u00e4ytteenotto ja l\u00e4hetys laboratorioomme ohjeistetaan tarkemmin N\u00e4ytteenl\u00e4hetysohjeessa. Diagnostinen palvelumme on akkreditoitu FFPE-tuumorikudosn\u00e4ytteille, mutta KiTu1-paneelilla on mahdollista tutkia my\u00f6s ituradan mutaatioita verin\u00e4ytteest\u00e4. Otathan meihin yhteytt\u00e4 […]","og_url":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/","og_site_name":"Geenidiagnostiikka","article_modified_time":"2025-05-22T11:43:05+00:00","twitter_card":"summary_large_image","twitter_misc":{"Arvioitu lukuaika":"4 minuuttia"},"schema":{"@context":"https:\/\/schema.org","@graph":[{"@type":"WebPage","@id":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/","url":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/","name":"Menetelm\u00e4t - KiTu1 - Geenidiagnostiikka","isPartOf":{"@id":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/#website"},"datePublished":"2024-12-18T11:23:55+00:00","dateModified":"2025-05-22T11:43:05+00:00","breadcrumb":{"@id":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/#breadcrumb"},"inLanguage":"fi","potentialAction":[{"@type":"ReadAction","target":["https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/"]}]},{"@type":"BreadcrumbList","@id":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/menetelmat-kitu1\/#breadcrumb","itemListElement":[{"@type":"ListItem","position":1,"name":"Home","item":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/"},{"@type":"ListItem","position":2,"name":"Menetelm\u00e4t – KiTu1"}]},{"@type":"WebSite","@id":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/#website","url":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/","name":"Geenidiagnostiikka","description":"","potentialAction":[{"@type":"SearchAction","target":{"@type":"EntryPoint","urlTemplate":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/?s={search_term_string}"},"query-input":{"@type":"PropertyValueSpecification","valueRequired":true,"valueName":"search_term_string"}}],"inLanguage":"fi"}]}},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4743","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/users\/203"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4743"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4743\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":4978,"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4743\/revisions\/4978"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/sites.uef.fi\/genediagnostics\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4743"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}